在生态农业的实践过程中，涌现出了多种模式，其中较为经典的有减量化模式、生态产业园模式和废弃物再利用模式。

1. 减量化模式：该模式强调精准管理土壤和作物，优化使用农业投入（如化肥、农药、水、种子等），以最少的投入获得优质的高产出和高效益。美国是世界上实施精准农业最早的国家之一，通过GPS系统技术精确指导施肥，显著提高了作物产量。

2. 生态产业园模式：该模式以生态学原理为基础，通过企业间的物质、能量、信息集成，形成以龙头企业为带动，包含若干个中小企业和农户的生态产业园。菲律宾玛雅农场便是一个成功的案例，农场通过循环利用废弃物，实现了物质的高效利用和经济的持续增长。

3. 废弃物再利用模式：该模式通过农业废弃物多级循环利用，将上一产业的废弃物或副产品作为下一产业的原材料。如日本菱镇通过发酵设备处理废弃物产生甲烷气体用于发电，实现了废物的高度资源化和无害化。